Vážení kolegové,
dovoluji si vás pozvat na přednášku „From Cell Painting Quality Control to Compound Similarity: An Interactive R/Shiny Application“, kterou přednese Anna Šišková. Seminář se uskuteční ve středu 7. října 2026 v 9:00 v místnosti 1.09 v IMTM.
Abstrakt
Test Cell Painting poskytuje bohaté morfologické profily a před jakoukoli biologickou interpretací je nezbytná pečlivá kontrola kvality. Aplikace v R/Shiny provede výzkumníky celým analytickým postupem – od surových profilů až po zkoumání mechanismu účinku.
Kontrola kvality zahrnuje filtrování podle počtu buněk na úrovni jamek, kontrolu na úrovni destiček pomocí map intenzity pro jednotlivé kanály, výpočet Moranova I pro všechny extrahované znaky k odhalení prostorových artefaktů (s následnou vizualizací na mapách destiček) a párovou kosinovou podobnost jamek s pozitivní kontrolou.
Jakmile data projdou kontrolou kvality, interaktivní projekce UMAP odhalí dávkové efekty (batch effects) napříč destičkami; korekce dávkových efektů je v současnosti ve vývoji. Reprodukovatelnost replikátů se poté kvantifikuje pro každou látku pomocí mediánu párové kosinové podobnosti jejích replikátů, přičemž nastavitelný práh určuje, které látky postoupí dál. Do závěrečné fáze postupují pouze látky splňující tento práh: porovnání mediánových morfologických profilů nezávisle v rámci každého datového souboru a mezi uživatelem definovanými testovacími a referenčními sadami.