Přejít k hlavnímu obsahu

Laboratoř experimentální medicíny

Laboratoř experimentální medicíny (LEM) byla založena v roce 1998 na Dětské klinice Lékařské fakulty Univerzity Palackého v Olomouci a Fakultní nemocnice Olomouc. Později, v roce 2010, se LEM stala hnací silou při budování a založení Ústavu molekulární a translační medicíny. 

Naši výzkumní pracovníci působí ve výzkumných skupinách a provádějí molekulární, buněčný a integrativní výzkum na nejvyšší mezinárodní úrovni a vychovávají novou generaci úspěšných vědců. Studujeme biologické procesy, které řídí normální i patologické funkce lidského těla a podílejí se na patogenezi onemocnění. Přestože náš výzkum není zaměřen na konkrétní onemocnění (je tzv. disease agnostic), většina naší odbornosti se týká nádorových onemocnění, zánětů, infekcí, vzácných onemocnění a neurodegenerace. Spektrum našeho výzkumu sahá od základního a translačního výzkumu, včetně výzkumu a vývoje malých molekul a radiofarmak, identifikace nových terapeutických cílů, repozicování léčiv, prvního podání molekul člověku (klinické studie fáze I), studií identifikace a validace biomarkerů a vývoje diagnostik in vitro, až po studie reálné klinické praxe (real-world evidence) využívající rutinně shromažďovaná data. Několik našich výzkumných pracovišť bylo oceněno jako vynikající na národní i evropské úrovni. Snažíme se také naším zápalem pro výzkum motivovat mladé vědce a prohlubovat jejich zájem o základní i aplikovaný výzkum. Seznamujeme je s nejnovějšími vědeckými poznatky a špičkovými technologiemi a připravujeme je na celoživotní vzdělávání v jejich budoucí kariéře. 

Oblasti výzkumu
Mezi naše výzkumné zájmy a oblasti patří
  • Výzkum a vývoj malých molekul a biologik pro inovativní terapie
  • Zobrazování a značení lidských onemocnění, vývoj radiofarmak
  • Identifikace a validace diagnostických, prognostických a prediktivních biomarkerů pro zlepšení časné diagnostiky onemocnění a rozvoj personalizované medicíny
  • Hlubší porozumění komplexitě onemocnění s využitím multidimenzionálních -omických technik (proteomika, genomika, transkriptomika, metabolomika, lipidomika, cellulomika aj.)
  • Rozvoj vysokokapacitní biologie a screeningových technik v medicínském výzkumu
  • Výzkum translačních modelů in vitro a in vivo (např. organoidy, xenografty odvozené od pacientů, indukované pluripotentní kmenové buňky)
  • Vývoj informačních technologií, včetně umělé inteligence, a řešení pro podporu správy dat (data stewardship) v biomedicíně
  • Rozvoj nanotechnologií pro léčbu a detekci lidských onemocnění; preklinické studie proof-of-concept a časné fáze klinických studií. 
Časopisy
Recent Advances in Methods for Circulating Tumor Cell Detection. International Journal of Molecular Sciences. 2023, 24(4), 3902, ISSN: 1422-0067, PMID: 36835311,  PDF.
Basic Methods of Cell Cycle Analysis. International Journal of Molecular Sciences. 2023, 24(12), 3674, ISSN: 1422-0067, PMID: 36835083,  PDF.
NOVÁKOVÁ (ČARNÁ), M., I. ONYANGO, S. KATINA, D. HOLUB, J. NOVOTNÝ, M. NEZVEDOVA, D. JHA, Z. NEDELSKA, V. LACOVICH, T. VYVERE, R. HOUBRECHTS, K. GARCIA-MANSFIELD, R. SHARMA, V. DAVID-DIRGO, M. VYHNALEK, K. TEXLOVA, H. CHAVES, N. BAKKAR, L. PERTIERRA, M. VINKLER, H. MARKOVA, J. LACZO, K. SHEARDOVA, M. HORTOVA-KOHOUTKOVA, J. FRIC, G. FORTE, P. KANOVSKY, S. BELASKOVA, J. DAMBORSKY, J. HORT, N. SEYFRIED, R. BOWSER, G. SEVLEVER, R. RISSMAN, R. SMITH, M. HAJDÚCH, P. PIRROTTE, Z. SPACIL, E. DAMMER, C. LIMBACK-STOKIN, G. STOKIN
Pathogenesis of Alzheimer's disease: Involvement of the choroid plexus. Alzheimer's & Dementia : the Journal of the Alzheimer's Association. 2023, ISSN: 1552-5260, PMID: 36825691,  PDF.
Volná místa
1 Chemická biologie a experimentální terapie
Projekt: The role of tumor hypoxia in the emergence of acquired resistance to drugs aimed at microtubules
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 1 místo v prezenční formě studia
5 Molekulární a translační medicína
Projekt: Generation of 3D human neuronal cultures: application to modeling CNS diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Biochemical and cellular analysis of amyloid staining agents in models of tauopathies and synucleopathies
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Investigating Effects of Aggregates of Intrinsically Disordered Proteins on Microglia: Implication for Neurodegenerative Diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Efficacy of Bruton Tyrosine Kinase Inhibitors Against Neuroinflammation in Neurodegenerative Diseases
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Magisterské studium
Souhrn: -
Projekt: Plasmonic nanomaterials in cancer theranostics
Vedoucí: Ranc Václav Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doktorské studium
Souhrn: 2 místa v prezenční nebo kombinované formě studia
1 Chemoinformatics
Projekt: Postdoctoral fellow/Researcher
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Postdoktorandské studium
Souhrn: Skupina chemoinformatiky a návrhu léčiv Ústavu molekulární
a translační medicíny Lékařské fakulty Univerzity Palackého
v Olomouci, Česká republika
(https://imtm.cz/laboratories/chemoinformatics-and-drug-design), hledá
postdoktorandského pracovníka se zkušenostmi v oblasti chemoinformatiky
a programování.

Hlavním cílem skupiny je vývoj nových výpočetních přístupů
a softwarových nástrojů pro návrh léčiv a jejich uplatnění
v projektech medicinální chemie
zaměřených na identifikaci a optimalizaci hitů/leadů a na identifikaci cílových struktur.

Úspěšný uchazeč se bude podílet především na projektu
de novo návrhu a optimalizace léčiv založeného na fragmentech. Bude
implementovat nové a zdokonalovat stávající nástroje a přístupy, retrospektivně je
validovat a uplatňovat v probíhajících projektech medicinální chemie
realizovaných na našem pracovišti v úzké spolupráci s medicinálními
chemiky a biology. V závislosti na svých zkušenostech a dovednostech se uchazeč může zapojit i do dalších výzkumných projektů.

Formální požadavky:
Ph.D. v oboru chemie, chemoinformatiky, informatiky nebo v příbuzných
oborech, případně 3 roky praxe v relevantních oborech
zkušenosti s molekulárním dockingem / farmakoforovým modelováním / strojovým
učením
znalost RDKit
dobrá znalost programování v jazyce Python a zkušenosti s vývojem
softwaru
dovednosti v oblasti analýzy dat
základní znalosti medicinální chemie výhodou
kvalitní publikační činnost
výborná znalost angličtiny slovem i písmem

Pozice bude otevřena na 2–3 roky s možností
prodloužení.

Neformální dotazy i přihlášky obsahující životopis
a seznam publikací spolu s motivačním dopisem popisujícím
výzkumné zájmy a dosavadní úspěchy uchazeče
zasílejte e-mailem na adresu
pavlo.polishchuk@upol.cz.
13 Molecular and Translational Medicine
Projekt: Systems approaches to understanding aging and neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Role of axonal transport and pathology in neurodegeneration
Vedoucí: Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Research and development of agents for cancer, neurodegenerative and infectious diseases
Vedoucí: De Sanctis Juan Bautista Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Urban Milan Ph.D., Das Viswanath M.Sc., Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Isolation and analysis of membrane lipid rafts using a non-targeted metabolomics and lipidomics approach
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Use of open-source software approaches for analysis of metabolomic and lipidomic clinical data
Vedoucí: Najdekr Lukáš Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in proximal fluids and tissues
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Preclinical development of molecular imaging agents
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Ligand- and structure-based modeling of biologically active compounds
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Biologically active molecules and their therapeutic combinations
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Anticancer drugs targeting nucleic acid metabolism
Vedoucí: Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Identification of proteomic biomarkers in exhaled breath condensate patients with systemic or pulmonary disease
Vedoucí: Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D.
K dispozici: 2
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Development of 3D pharmacophore signatures and their application in anticancer drug design
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Doctoral training
Projekt: Genetic and epigenetic biomarkers in health and disease
Vedoucí: Slavkovský Rastislav Ph.D., Džubák Petr M.D., Ph.D., Hajdúch Marián M.D., Ph.D., Drábek Jiří Ph.D., Koudeláková Vladimíra Ph.D.
K dispozici: 5
Určeno pro: Doctoral training
10 Other specializations
Projekt: Applicability domains in machine learning modeling
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Computationally guided optimization of compound properties
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Novel 3D pharmacophore representation for machine learning
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Fragment-based de novo design using pharmacophore models
Vedoucí: Polishchuk Pavlo Ph.D., M.Sc.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Radiolabelled peptides for cancer imaging
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Radiolabelled siderophores for infection imaging
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: In vivo imaging of 68Ga labelled biomolecules
Vedoucí: Petřík Miloš Assoc. Prof., PharmDr., Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Bachelor training
Projekt: Small animal imaging using microPET/SPECT/CT system in preclinical developement of potential drugs
Vedoucí: Nový Zbyněk Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Bachelor training
Projekt: Epigenetic biomarkers
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training
Projekt: Genetic biomarkers
Vedoucí: Drábek Jiří Ph.D.
K dispozici: 1
Určeno pro: Master training